El proyecto MK-Ultra inició poco antes de 1939, pero salió a la luz hasta 1975. Son un conjunto de experimentos llevados a cabo por la Agencia Central de Inteligencia (CIA), consistentes en la manipulación del comportamiento humano en base a cierto tratamiento mental. Supuestamente el objetivo era conseguir un método eficaz para que un sujeto dijera la verdad al hacerle un interrogatorio. Al desarrollarlo se recurrió a sesiones de hipnosis, radiaciones y la suministración de drogas, especialmente LSD. Fue una operación muy costosa, por lo que el proyecto MK-Ultra consumía el seis por ciento de los fondos de la CIA en 1953.
Los experimentos se realizaron con propios empleados de la CIA, militares, e incluso con civiles, se dice que muchas veces sin que estos estuvieran consientes de ello. En diciembre de 1974 el New York Times hizo públicas las irregularidades del proyecto, en el informe se mencionaban experimentos realizados a la población civil. Hay quienes afirman que los presos en la cárcel de Guantánamo han sido utilizados para realizar pruebas referentes a MK-Ultra.
Se dice que el proyecto MK-Ultra tuvo resultados, pero no exactamente para "métodos de interrogación", sino para manipular el comportamiento de algún sujeto y así llevar a cabo otro tipo de objetivos. Un ejemplo muy mencionado es el de "asesinos a control remoto", en el cual a un prisionero de guerra se le aplica el MK-Ultra, efectuando en el una "programación mental" en la que se le ordena realizar ciertas acciones, posteriormente se le libera, al regresar ataca a sus propios compañeros y enseguida se suicida.
En diversas fuentes se ha mencionado el uso de MK-Ultra para manipular a los protagonistas de los tiroteos en escuelas estadounidenses, como los llevados a cabo en Columbine, Virgina Tech y en Connecticut, pues estos utilizaron el mismo modus operandi, atacar y enseguida suicidarse. También se ha llegado a relacionar con el atentado con bombas en el maratón de Boston y el tiroteo en un cine en Colorado cuando se estrenaba la película de Batman. Incluso se llegó a decir que los pilotos de los aviones que participaron en el atentado a las Torres Gemelas posiblemente habían sido sometidos al MK-Ultra.
